2003年10月按照国家卫生体系建设的要求，撤销原小金县卫生防疫站，组建小金县疾病预防控制中心，，下设六个职能科室（中心办公室，疾控科含地防科，卫生科，检验科，健康教育科和性病、艾滋病防治科）。2011年8月明确为正科级社会公益性事业单位，是小金县唯一的县级疾病预防控制机构，其经费来源为财政全额拨款。2021年11月取得四川省检验检测资质，2023年5月成功通过二级甲等疾控机构评审。下设办公室、检验科、质控科、重传科、免疫规划科、卫生监测科6个科室。中心占地面积为1333平方米，建筑面积为2034.41平方米，实验室现有原子吸收分光光谱仪、原子荧光分光光度计、气相色谱仪、离子色谱仪、连续流动分析仪、全自动核酸检测系统、PCR扩增仪、电感耦合等离子体质谱仪、电感耦合等离子体光谱仪等大型检测设备。